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２０２６年３月１４日から、JR東日本では運賃改定が行われ、普通運賃だけでなく定期運賃も見直されました。

通勤にJRを使っている方が多い会社では、これにあわせて通勤手当の金額を見直す場面も出てきます。

ここで気を付けたいのが、「JRの定期代が上がっても、会社からその分の通勤手当が出るなら損はしない」とは限らないという点です。

通勤手当は税金の計算では一定額まで非課税ですが、社会保険では別の扱いになります。

通勤手当は、税金では「非課税」のことが多い

通勤手当は、電車やバスなどで通勤している場合、通常必要と認められる範囲であれば、一定額まで所得税がかかりません。

電車やバスだけで通勤している場合は、もっとも経済的かつ合理的な経路・方法による通勤定期券などの金額が基準となり、1か月当たり15万円までが非課税です。

そのため、JRの運賃改定で定期代が上がり、会社から支給される通勤手当が増えたとしても、すぐに「税金が増える」という話にはなりにくいです。

では、なぜ手取りに影響することがあるのか

理由は、社会保険では通勤手当も報酬に含まれるからです。

社会保険の計算では、基本給だけでなく、通勤手当や残業手当、家族手当なども含めて見ます。

また、４月・５月・６月に支払った報酬をもとに、その年の９月から翌年８月までの標準報酬月額が決まります。

春に通勤手当が見直されると、その後の社会保険料に影響することがあります。

なぜ交通費まで社会保険に入るの？

「交通費は実費なのだから、社会保険の対象にしなくてもよいのでは」と思う方もいらっしゃるかもしれません。

通勤手当は交通費のために支給されるものですが、毎月継続して支払われる手当なので、社会保険では報酬の一部として扱われます。

また、ここを通勤手当として別に支給している会社だけ社会保険の対象外にしてしまうと、同じように働いていても、基本給に交通費相当額が含まれている会社の人と、通勤手当として別に支給されている会社の人とで扱いに差が出ます。

こうした差が生じるのを避けるためにも、支給の名目ではなく、給与として継続して支払われているかどうかで考えます。

一方で、出張旅費のように、その都度かかった費用を精算するものは性質が異なります。

このような違いがあるため、通勤手当は実費弁償そのものというより、社会保険では報酬の一部として扱われています。

どんなときに手取りが変わる？

通勤手当が増えると、その分だけ社会保険の計算のもとになる金額も上がります。

その結果、標準報酬月額の区分（社会保険料を決めるランク） が上がれば、健康保険料や厚生年金保険料も上がり、手取りが減ることがあります。

もっとも、通勤手当が少し増えたからといって、必ず社会保険料が上がるわけではありません。社会保険料は区分ごとに決まるため、金額が変わっても区分が変わらなければ、保険料がそのままのこともあります。

つまり、「通勤手当が増えたら必ず手取りが減る」のではなく、「手取りに影響する可能性がある」 という理解が実態に近いです。

会社側で見ておきたいポイント

今回のようにJRの運賃改定があったときは、まず通勤手当の支給額を見直す必要があるかを確認したいところです。

２０２６年３月１４日購入分から、全エリアの普通運賃・定期運賃が見直されています。

そのうえで、通勤手当が税務上の非課税枠に収まっているか、また社会保険の算定に影響しそうか、

この２つを分けて確認することが大切です。

特に、４月から６月に支給額が変わる場合は、その後の社会保険料に関係しやすいため、一度給与明細の見え方まで意識しておくと安心です。

まとめ

今回のJRの運賃改定は、単に「電車代が上がる」という話だけではありません。会社実務では、その先にある通勤手当の見直しまで考える必要があります。

通勤手当は、税金では一定額まで非課税です。しかし、社会保険では報酬に含まれるため、支給額が変わることで将来の社会保険料に影響することがあります。

「通勤手当は非課税だから安心」と思いがちですが、税金と社会保険では扱いが違う。
この点は、今回のような運賃改定のタイミングで押さえておきたいところです。

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